Autoritatea este condusă de un preşedinte, cu rang de secretar de stat, numit şi eliberat din funcţie prin decizie a prim-ministrului, la propunerea ministrului finanţelor, ajutat de un vicepreşedinte, cu rang de subsecretar de stat, numit şi eliberat din funcţie prin decizie a prim-ministrului, la propunerea ministrului finanţelor.
Preşedintele Autorităţii are calitatea de ordonator terţiar de credite şi poate delega această calitate în condiţiile stabilite de Legea nr. 500/2002 privind finanţele publice.
Autoritatea elaborează reglementările vamale care sunt în competenţa României în calitatea sa de stat membru al Uniunii Europene, asigură administrarea impozitelor, taxelor şi altor venituri bugetare date prin lege în competenţa sa, aplică politica şi legislaţia vamală, respectiv fiscală, în domeniul supravegherii produselor accizabile, exercită atribuţiile de autoritate vamală şi controlul operativ şi inopinat privind prevenirea, descoperirea şi combaterea oricăror acte şi fapte care au ca efect frauda vamală şi fiscală, precum şi a altor fapte date prin lege în competenţa sa.Principalele obiective ale Autorităţii sunt:
a)protejarea intereselor financiare ale României, ale Uniunii Europene şi ale statelor membre ale acesteia;
b)punerea în aplicare a politicii comerciale comune şi a celorlalte politici ale Uniunii cu impact asupra comerţului;
c)protejarea României şi a Uniunii Europene de comerţul inechitabil şi ilegal şi încurajarea activităţilor economice legitime;
d)garantarea securităţii şi siguranţei României, a Uniunii Europene şi a rezidenţilor acestora, protecţia mediului, în cooperare strânsă cu alte autorităţi, dacă este cazul;
e)menţinerea unui echilibru adecvat între controalele vamale şi facilitarea comerţului legitim.
